Fox Mulder (David Duchovny), después de meses rompe su clandestinidad, apareciendo en un área de instalación militar subterránea, tratando de descifrar un fichero automatizado denominado «Endgame«. Es sorprendido por un soldado el cual lo creía muerto hace mucho tiempo por el FBI. Durante la refriega, Mulder mata al soldado pero es detenido finalmente por los militares.

El FBI ayuda a Mulder de manera irregular pero él acepta estas actuaciones irregulares como una oportunidad para revelar «la verdad». Dana Scully (Gillian Anderson), quien hace nueve años, creyó a Mulder un loco peligroso, está ahora completamente de su lado. El Director Adjunto Skinner (Mitch Pileggi) recibe la misión de defender y sacar de la incómoda situación a Mulder. A medida que el juicio avanza, Skinner resume las varias conspiraciones que han encontrado en los últimos años, y trae numerosos testigos para poner todas las piezas del rompecabezas. Pero ¿será suficiente para salvar la vida de Mulder?

Los X-Files es uno de los pocos programas de televisión verdaderamente revolucionarios, por lo que Fox Mulder y Dana Scully se convirtieron en iconos culturales. Después de nueve años de alimentar la paranoia conspirativa de Estados Unidos y el hambre   por hechos paranormales, The X-Files se despide con un final de dos horas, «La Verdad».

La novena temporada, en general no estuvo a la altura de las hazañas escalofriantes de los primeros años. David Duchovny al parecer terminó por quedarse con el espectáculo. Sin menospreciar a Robert Patrick y Annabeth Gish, pero lo cierto es que se enfrentaron a la tarea casi imposible de llenar los zapatos gigantescos de Duchovny y Anderson. Los aficionados al parecer, simplemente no tienen la paciencia para dejar que los agentes Doggett y Reyes construyan sus propias historias profundas y detalladas. No importa. «La Verdad» es un final satisfactorio de la serie, con bastantes vueltas y revueltas, algunas apariciones sorpresa, pocos invitados, y un final explosivo necesario. Los románticos también se sentirán satisfechos con el beso de los agentes federales, que es como una reinvindicación a la relación Mulder y Scully. Algunas de las preguntas son respondidas, pero siguen habiendo bastantes misterios. Los rumores de otra película de X-Files, siguen revoloteando y todavía hay un montón de material extraño del cual los productores podrían sacar provecho.

Respecto a la escena final, Mulder y Scully entran como en los viejos tiempos a lugares sumamente cargados de misterio y tensión. Esta vez se trataría de una caverna en Nuevo México, en cuyo interior se encuentra el fumador empedernido. Ese oscuro personaje de voz ronca y malévola esta vez luce una larga cabellera blanca y harapos, siempre con su cigarrillo para burlarse acerca de la gran verdad acerca de las predicción Maya que sostiene que el fin del mundo será el 22 de diciembre del 2012, el cual no era otra cosa que el inicio de la invasión extraterrestre y el fin de la raza humana. Al final Mulder y Scully escapan antes que lleguen los helicópteros vuelen la caverna con explosivos donde muere el fumador empedernido.